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1、在地质历史上，生物集群灭绝事件发生后往往会出现微生物的繁盛现象，通过研究微生物岩或保存良好的微生物有机壁化石，就可以深入了解集群灭绝发生的过程 。
【为什么微生物化石能提供地球发生大灾难的线索】2、微生物岩代表了一种以蓝细菌和其他底栖生物为主体的独特生态系统，是一种沉积岩，由生活在海底的微生物群落通过生长和生理活动，引导沉积物沉淀和生物矿化作用而产生 。因此，微生物岩是海洋微生物群落兴衰的直接证据 。
3、比如 ， 在距今约2.5亿年的二叠纪末期，地球上最严重的集群灭绝事件发生以后，全球浅海地区就广泛分布有微生物岩 。而晚泥盆世的集群灭绝中，菌藻类生物也更加繁盛 。在晚弗拉西斯期 ， 刺激菌藻类生物生长的元素含量几次突然增加 。这可能是因为晚泥盆世陆生植物大规模繁盛 ， 使得生物的化学风化作用加速进行，导致地表径流向海洋输送的营养物质急剧增加 ， 从而进一步改变了海洋化学环境，最后富营养化的海水使菌藻类生物过度繁盛，并造成其他生物灭绝 。
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